A FAEPA é qualificada como Organização Social da Saúde pelo Governo do Estado de São Paulo.
Além do convênio com o Hospital das Clínicas da FMRP-USP e com a Universidade de São Paulo, a Fundação faz o gerenciamento, por meio de contrato de gestão com a Secretaria de Estado da Saúde do Estado de São Paulo, do Hospital Estadual de Ribeirão Preto, do Centro de Referência da Saúde da Mulher de Ribeirão Preto - MATER, do Hospital Estadual Américo Brasiliense e do Hospital Estadual Serrana.